Tuesday, March 2, 2010

Please don't use Clustal for tree construction!

{{en|A phylogenetic tree of life, showing the ...Image via Wikipedia

There are reams of books, articles, and websites about the correct way to build a phylogenetic tree. My post is not to argue about what is the best method, but rather point out that most people do not consider Clustal (e.g. ClustalX or ClustalW) to be an optimal solution in almost any circumstance. Countless times I have asked people how they built their particular tree and they give me the vague "Clustal" answer. Of course this answer is fine if this is the first tree you ever constructed, but beware you will be labelled as a phylogenetic newbie.

Clustal is technically a multiple alignment algorithm, but it also includes methods for tree construction in the same interface. Most of these methods are not really considered "good" tree building methods. If you do use Clustal, at least specify what tree building method you used (ie. "Clustal with neighbor joining"). Most people don't use Clustal even for multiple alignment anymore, because Muscle has been shown to be at least as accurate as Clustal and is much faster.

For tree construction, most people would agree that a Maximum Likelihood or Bayesian method would almost always be a better solution; PhyML and Mr. Bayes seem to be the most popular implementations for these methods. Advanced users might also want to look into using Beast.

I usually interact with most of these programs through a command line interface, so I don't have an expansive knowledge of the best graphical tool. However, I did come across, "Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialist" which does a good job allowing easy interaction between various methods for multiple sequence alignment, tree construction, and tree viewing.

Whatever you use to build trees, just make sure it isn't Clustal!
Reblog this post [with Zemanta]

32 comments:

Dissertation Writing service said...

This kind of information is very limited on internet. Nice to find the post related to my searching Project management dissertation . Your updated and informative post will be appreciated by blog loving people.

jasmine25 said...

This blog is so informative and we gets lot of information related to many topic...nice posting

Neil said...

I appreciate the info. As a newbie, there are limitations to what method I use. Thanks for sharing.

MathP said...

Hey !

Really glad I saqw your post right before clicking start on Clustal... Looking up these options !

Cheers and keep it up !

Unknown said...

excellent review navigated and it is informative view and you want to try such type of reviews with full version to click on this link here Clustal X

Unknown said...

I think it's helpful to have a lot of pre-packaged items that you created in your moments of
inspiration. In this way you can just sit down and write the details.

Uk Essay Writing Service

swaggy said...

Admiring the time and effort you put into your blog and detailed information you offer!..
http://heavyrentals.equipment

Drasah said...


دراسة لخدمة البحث العلمي

Drasah said...


من خدمات البحث العلمي التي تقدمها شركة دراسة للباحثين وتعد من الخدمات المهمة لهم خدمة فحص السرقة الادبية لما يتواجد لدينا من فريق عمل متميز يقوم بفحص البحث والتاكد من خلوة تماما من اي سرقات وان وجد يتم التنويه عنها بصورة مفصلة
http://drasah.com/

maktabtk said...

تتميز شبكة المعلومات العربية بتواجد فيها ابحاث اجنبية مختلفة ومتنوعة في العديد من المجالات غير متواجدة علي الانترنت كما تتمكن من البحث فيها بكلمات بحثية عربية
http://www.maktabtk.com/

maktabtk said...

يتواجد لدي موقع مكتبتك العديد من الانواع المختلفة للخدمات التقنية الخدمية منها الحصول علي دراسات اجنبية مترجمة علي ايدي متخصصين اكاديميين في مختلف المجالات العلمية

Unknown said...

صيانة بوش
صيانة وايت ويل
صيانة دايو
صيانة اريستون
صيانة سيمنس
صيانة سامسونج
ال جي صيانة
رقم صيانة الاسكا

مطبخ ام تاليا said...

شركات الصيانة بالقاهرة وهى تعد من افضل شركات الصيانة بالقاهرة وجميع محافظات القاهرة وهم التوكيلات المعتمدة ويوفروا لكم قطع غيار اصلية بالضمان وصيانة معتمدة لديهم فريق من مهندسين الجودة وفري من مهندسين الصيانة الذى على كفاءة عالية في فك وتركيب وصيانة الاجهزة المنزلية بجميع انواعها وهى توكيلات معتمدة وهم كالاتي :.
رقم صيانة طومسون
صيانة بومباني
صيانة وايت ويل
صيانة الاسكا
صيانة فريش
صيانة جولدي
aeg صيانة
صيانة كريازي

مع السلامه
شكرا لكم

maktabtk said...

تتمكن من خلال التواصل مع موقع مكتبتك الحصول علي العديد من الانواع المختلفة للتقنيات العالية في الجودة منها خدمة تلخيص الدراسات السابقة التي يستكمل بها الباحثين ابحاثهم في مختلف التخصصات العلمية

eftkar said...

مظلات وسواتر
مظلات وسواتر اساطير العمار
مظلات سيارات
مظلات
تركيب مظلات
مظلات اساطير العمار

Nashwa Mostafa said...

ارخص شركة تنظيف خزانات بالمدينة المنورة‏ ‏

ارخص شركة تنظيف خزانات بالمدينة المنورة‏
أفضل شركة تنظيف خزانات المياة بالمدينة‎ ‎
نقوم بتنظيف الخزانات الأرضية والعلوية‎ ‎
بأفضل الطرق‎ ‎
خبرة طويلة فى مجال التنظيف‎ ‎
تنظيف كامل للفلل والشفق والاستراحات ‏
جوال 0540906041
شركة تنظيف شقق خزانات مع التعقيم بالمدينة المنورة ‏

شركة تنظيف شقق خزانات مع التعقيم بالمدينة المنورة شركة تنظيف الخزانات وعزلها
ضد التسريب مع الضمان خبراء ‏فى مكافحه جميع انواع الحشرات النمل الابيض العته مع الضمان

Unknown said...

صيانة كريازي
صيانة اريستون
صيانة توشيبا
صيانة وايت بوينت
ا صيانة ال جي
صيانة وايت ويل
صيانة اريستون
صيانة زانوسي
MohamedMido88mk

شركة رواد الحرمين said...


شركه عزل فوم بالرياض
أيضاً تسبب في سقوط الطلاء وظهور التشققات، ولكن من الآن لا داعي
للقلق لأن شركة عزل أسطح تقدم لعملائها الكرام في كافة أنحاء المملكة العربية السعودية .
افضل شركة عزل أسطح

شركه تنظيف مكيفات بالرياض
شركه عزل فوم بالدمام

شركه عزل اسطح بالدمام

شركه عزل فوم بالقطيف

شركه عزل فوم بالاحساء

شركه عزل فوم بالجبيل

شركة العياد said...

مكافحة حشرات تبوك
مكافحة حشرات تبوك دليل خدمات المملكة دائما ما نسعى إلي استخدام كافة الوسائل التي تخلصنا من وجود الحشرات في حياتينا، ونتمنى القضاء عليها نهائيا والي الأبد ولكن دوي جدوى تبوء معظم محاولاتنا بالخيبة والفشل، ولذلك قامت أفضل شركة مكافحة حشرات شركة خدمات المملكة بتقديم كافة الخدمات اللازمة للقضاء علي الحشرات بجميع أنواعها الزاحفة والطائرة غيرها من الحشرات المزعجة والي الأبد.

عزيزي العميل مع شركة مكافحة الحشرات تبوك وداعا للقلق و التوتر وأهلا وسهلا بالراحة والنظافة والاسترخاء.

شركة مكافحة حشرات بتبوك
مكافحة حشرات بتبوك

شركة العياد said...


شركة تنظيف بيوت بالطائف

شركة مكافحة الحشرات بالطائف

مركز الاختيار للطب النفسي said...

نقل عفش

شركة نقل عفش بجدة

تخفيضات ايكيا

نقل عفش جدة

نقل عفش بجده

شركة نقل عفش

شركة نقل عفش بجدة نقلتك

شركات نقل العفش بجدة

ارخص شركة شحن سيارات داخل السعودية

Unknown said...

شركة تسويق الكتروني
صيانة كريازي
صيانة جليم جاز
صيانة فريجيدير

شركة MK
صيانة الاسكا
صيانة سيمنس
صيانة فريش
صيانة توشيبا
للتسويق الالكتروني
شركة تسويق الكتروني
01015375663 واتس اب

سلوي فيصل said...

شركة البيوت للخدمات المنزلية تقدمة : كشف تسربات المياه بالرياض, كشف تسربات المياه بجده, عزل مائي, عزل فوم, نقل اثاث بالرياض,

سلوي فيصل said...


6: كيفية اختيار افضل شركة رش مبيدات بالرياض وأهم خدماتها
رش مبيدات هل أنت من ساكني مدينة الرياض أو البلدان المجاورة في المملكة العربية السعودية؟ هل تعاني كثيرًا من انتشار الحشرات في منزلك أو مكتبك؟ هل تبحث عن أفضل شركة رش مبيدات بالرياض؟ هل فكرت كثيرًا في هذه المشكلة ولم تجد لها حلًا؟
اليوم تستطيع عزيزي التوصل إلى الحل الأنسب الذي يخلصك نهائيًا من جميع الحشرات والقوارض ويجعلك تشعر بالأمان وتعيش وسط بيئة آمنة لك ولجميع أفراد أسرتك.
بلا شك أن البيئة الصحية الخالية من الحشرات هي الهدف الأسمى الذي يسعى له الجميع ليس فقط في الرياض ولكن في جميع أنحاء العالم وهو حق مكفول للجميع.
وذلك لما تمثله الحشرات من مشاكل نفسية وصحية عند تواجدها في أي مكان، فهي تجعل كل من يراها يشعر بالاشمئزاز والخوف حتى مع صغر حجم الحشرات، هذا إلى جانب كم الأمراض الهائل التي تتسبب في انتشاره والعدوى بين الجميع.
وعلى الرغم من الجهود المبذولة باستمرار سواء من ربة المنزل في عملية التنظيف والتهوية إلا أنها لا تجدي نفعًا في جميع الحالات فهناك العديد من أنواع الحشرات التي تحتاج إلى جهود مكثفة للتخلص منها.
شركة البيوت لرش مبيدات بالرياض

أسباب انتشار الحشرات في المنازل والمكاتب
الحشرات بحكم صغر حجمها وسهولة انتقالها من مكان لآخر بسرعة شديدة يصعب السيطرة عليها كثيرًا، ويجعلنا في حالة تفكير وبحث مستمر عن الأسباب التي تزيد من انتشارها بهذه السرعة، ومن أبرز هذه الأسباب:
عوامل المناخ من الأسباب الرئيسية الأولى وراء انتشار الحشرات في أي مكان، فمع ارتفاع درجات الحرارة نجد ظهور العديد من أنواع الحشرات وخروجها من الجحور والبدء في الانتشار في جميع الأماكن، وأيضا زيادة الرطوبة.
عدم الاهتمام بنظافة المنزل أو المكتب والشركة بشكل دوري عن طريق التنظيف الجيد لجميع الأركان واستخدام أقوى سوائل التنظيف.
عدم التهوية المستمرة والجيدة للأماكن وخاصة الغرف المغلقة باستمرار فهي مصدر جذب للحشرات بشكل قوي.
أماكن الصرف الصحي وعدم نظافتها باستمرار تكون من أهم عوامل انتشار الحشرات في أي مكان وزيادتها باستمرار.
عدم إلقاء القمامة بشكل دوري وتراكمها دون تنظيف الأماكن حولها يزيد من تواجد الحشرات.
العوامل السابقة هي بمثابة الأسباب الرئيسية وراء المعاناة التي يعاني منها الكثيرين في الرياض، إلا أنه في الكثير من الأحيان نجد المرأة تهتم بالنظافة قدر المستطاع والتهوية ومع ذلك تنتشر الحشرات ولا تجدي المحاولات التقليدية نفعًا في التخلص منها.

7: افضل شركة تنظيف بالرياض وأهم ما يميزها عن غيرها من الشركات
تنظيف المنزل والتفكير به من الأشياء التي تؤرق أي سيدة وربة منزل حقًا لكونها من المهام الشاقة التي تسعد إليها كل سيدة وكأنها على أعتاب الدخول في حرب، ولاسيما إذا كانت مساحة المنزل كبيرة فهذا بالتأكيد سيحتاج إلى جهد مضاعف في التنظيف.
شركة تنظيف بالرياض
ووقت أكثر من المنازل الصغيرة التي يخلص تنظيفها في عدة ساعات معدودة، وعلى الرغم من محاولات المرأة لتنظيف المنزل باستمرار إلا أنها لا تجد النتائج المرضية من جراء هذا التنظيف ونجد أيضًا تجمع بعض الأتربة أو وجود حشرات تسبب لها الإحراج أمام أي زائر.
ومن هنا تبدأ في الشكوى والتساؤل عن الأخطاء التي تقع بها خلال التنظيف والتي ينتج عنها وجود بعض القصور التي تصيبها بالإحباط بعد كل هذا المجهود والعناء الجبار في التنظيف، حتى أن بعض الأمهات تبدأ في إعلان حالة الطوارئ في المنزل قبل بدء عملية التنظيف الأمر الذي يزعج الجميع.
والمشكلة الحقيقية في عدم النظافة الكاملة للمنزل على الرغم من جهود المرأة هو الإجهاد فقيام المرأة بتقسيم الشقة والبدء في تنظيف كل جزئية على حدا وهي بمفردها بالطبع يجعلها تفقد طاقتها ولا تتمكن من نظافة جميع الغرف والأجزاء بنفس الدقة والمهارة.
إلى جانب احتياج عملية تنظيف منازل إلى بعض الأدوات والمواد المنظفة الخاصة والتي تتمكن من التنظيف وتطهير المنازل بالكامل من جميع الحشرات والأتربة وهو ما لا تستطيع ربة المنزل بمفردها تحقيقيه.
الأمر الذي زاد من حرص ورغبة الكثير من السيدات في البحث عن شركة تنظيف بالرياض مجربه وأثبتت فاعلية كبيرة في هذه المسألة للقضاء نهائيًا على معاناة التنظيف التي تؤرق جميع أفراد الأسرة وليس المرأة فقط.

8 : ترميم المنازل بالرياض

Unknown said...

https://bout-ksa.com/%d8%a3%d9%81%d8%b6%d9%84-%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d9%85%d9%83%d8%a7%d9%81%d8%ad%d9%87-%d8%ad%d8%b4%d8%b1%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%b1%https://bout-ksa.com/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d9%86%d9%82%d9%84-%d8%b9%d9%81%d8%b4-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%b1%d9%8a%d8%a7%d8%b6/%8a%d8%a7%d8%b6/
https://bout-ksa.com/%d8%aa%d8%b3%d9%84%d9%8a%d9%83-%d9%85%d8%ac%d8%a7%d8%b1%d9%89-%d8%a8%d8%b9%d9%86%d9%8a%d8%b2%d9%87/
https://bout-ksa.com/%d8%a7%d9%81%d8%b6%d9%84-%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d8%aa%d8%b3%d9%84%d9%8a%d9%83-%d9%85%d8%ac%d8%a7%d8%b1%d9%89-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d9%82%d8%b5%d9%8a%d9%85/
https://bout-ksa.com/category/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d8%a9-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d9%85%d9%83%d9%8a%d9%81%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%b1%d9%8a%d8%a7%d8%b6/
https://bout-ksa.com/category/%d8%a7%d8%b1%d8%ae%d8%b5-%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%af%d9%85%d8%a7%d9%85/
https://bout-ksa.com/category/%d8%a7%d8%b1%d8%ae%d8%b5-%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%af%d9%85%d8%a7%d9%85/
https://bout-ksa.com/%d8%a7%d8%b3%d8%b9%d8%a7%d8%b1-%d8%b4%d8%b1%d9%83%d8%a7%d8%aa-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d9%85%d9%83%d9%8a%d9%81%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%b1%d9%8a%d8%a7%d8%b6/
https://bout-ksa.com/category/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d8%a9-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d9%85%d9%83%d9%8a%d9%81%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%b1%d9%8a%d8%a7%d8%b6/
https://bout-ksa.com/category/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d8%a9-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d9%85%d9%83%d9%8a%d9%81%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%b1%d9%8a%d8%a7%d8%b6/
https://bout-ksa.com/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d9%85%d9%83%d9%8a%d9%81%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%a7%d8%ad%d8%b5%d8%a7%d8%a1/
https://bout-ksa.com/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d9%85%d9%83%d9%8a%d9%81%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%a7%d8%ad%d8%b5%d8%a7%d8%a1/
https://bout-ksa.com/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d8%aa%d9%86%d8%b8%d9%8a%d9%81-%d9%85%d9%83%d9%8a%d9%81%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%ae%d8%b1%d8%ac/

Unknown said...

https://twitter.com/gmalgmalclening موقعنا على تويتر

شركة الطيب said...


شركة تنظيف سجاد بالخرج



شركة تنظيف مجالس بالخرج



شركة تنظيف كنب بالخرج



شركة تنظيف بالقويعية



شركة تنظيف شرق الرياض



شركة غسيل مساجد بالرياض



شركة تنظيف كنب جنوب الرياض



شركة غسيل سجاد بالرياض



شركة تنظيف كنب غرب الرياض



شركة تنظيف مكيفات جنوب الرياض

شركة الكناني للخدمات المنزلية said...


شركة ترميم بجدة
تعتبر افضل شركة ترميم منازل بجدة هي من أفضل وأكبر الشركات فهي تقوم بتقديم جميع خدمات ترميم المنازل وبأقل الأسعار، حيث تقوم الشركة بعمل الترميمات الخاصة واللازمة بالمنزل، وتقوم أيضا بتقديم خدمة أمور الكهرباء لأن البعض من الأشخاص هم يعانون كثيرا من بعض المشاكل التي توجد في الكهرباء، فنحن نقوم فورا بالإصلاح وبدون تأخير، فقط اتصلوا بنا وسوف تجدون ما يريح بالكم ويسعدكم في ترميم المنازل.
لأن المنازل هي مرت عليها سنوات كثيرة وعلى شبه الوقوع والانتهاء، ولذلك لابد من ترميم المنازل بشكل صحيح، ولذلك مع افضل شركة ترميم منازل بجدة أنت دائماً براحة وأمان لأن الشركة هي من أفضل وأكبر الشركات في ترميم المنازل من حيث العمولة والأسعار وترميم المنازل و الدهانات.ارخص شركة ترميم بجدة

شركة عوازل فوم said...

https://ibdaealshrq.com/عوازل فوم حرارى ومائى
https://ibdaealshrq.com/%d8%ae%d8%af%d9%85%d8%a7%d8%aa-%d8%a7%d9%84%d8%b9%d8%b2%d9%84/جميع انواع العوازل المائيه والحراريه
https://ibdaealshrq.com/2021/05/02/%d9%81%d9%88%d8%a7%d8%a6%d8%af-%d8%b9%d8%b2%d9%84-%d8%a7%d9%84%d9%81%d9%88%d9%85/عزل فوم عوازل فوم افضل عوازل الفوم
https://ibdaealshrq.com/2021/04/29/%d8%a7%d9%86%d9%88%d8%a7%d8%b9-%d8%b9%d8%b2%d9%84-%d8%a7%d9%84%d8%a7%d8%b3%d8%b7%d8%ad/عوازل اسطح
https://ibdaealshrq.com/2021/05/04/%d9%83%d8%b4%d9%81-%d8%aa%d8%b3%d8%b1%d8%a8%d8%a7%d8%aa-%d8%a7%d9%84%d9%85%d9%8a%d8%a7%d9%87/افضل شركة كشف تسربات كشف تربات باحدث الاجهزه
https://ibdaealshrq.com/2021/05/04/%d9%85%d9%83%d8%a7%d9%81%d8%ad%d8%a9-%d8%a7%d9%84%d8%ad%d8%b4%d8%b1%d8%a7%d8%aa/مكافحة حشرات
https://ibdaealshrq.com/2021/05/04/%d8%b9%d8%b2%d9%84-%d8%a7%d9%84%d8%ae%d8%b2%d8%a7%d9%86%d8%a7%d8%aa/افضل شركة عزل خزانات عزل خزانت
https://ibdaealshrq.com/2021/05/08/%d8%aa%d8%b1%d9%85%d9%8a%d9%85-%d8%a7%d9%84%d9%85%d9%86%d8%a7%d8%b2%d9%84/ترميم منازل
https://ibdaealshrq.com/blog
https://ibdaealshrq.com/contact/للتواصل

افنان said...

شركة كشف تسربا المياه
الشركة المعتمدة لكشف التسربات
شركة عزل اسطح
شركة عزل مسابح
شركة عزل فوم

afnanksa.com said...

https://afnanksa.com/%d8%b4%d8%b1%d9%83%d9%87-%d8%b9%d8%b2%d9%84-%d8%a7%d8%b3%d8%b7%d8%ad-%d9%88%d8%ae%d8%b2%d8%a7%d9%86%d8%a7%d8%aa-%d8%a8%d8%a7%d9%84%d8%b7%d8%a7%d8%a6%d9%81/

نجوم السعودية said...

ديكورات واصباغ الكويت تصميم وتنفيذ